佛学
蒙文通治佛学，发源于中国20年代初期的今古文的大论战。1918年蒙文通从四川存古学堂毕业后，返回家乡盐亭以办私塾为生，继续在破庙里从事经史研究，长达三年之久。五四运动以后，中国掀起一场新兴的文化革命。以鲁迅、陈独秀等为代表的新文化干将与吴宓、章士钊等学衡派发生激烈论战。在这场莫衷一是的争论中蒙文通难以取舍，便辞去重庆府联中和重庆省立二女子师范学校的职务，“游学于吴越之间，访学于各大经史家门下，与章太炎论古今之流变，与欧阳竟无论佛典之影响”。在长期的游学过程中，蒙文通仍难以在二者之间取舍.却悟及佛学在中国思想中的深层的潜意识影响，蒙文通便停留在欧阳竟无所办的“支那内学院”内，潜心研究佛学，从1923年到1927年，长达四年之久。此期，蒙文通与汤用彤、熊十力、吕澄等朝夕相处，互相争论，虽各论不一，相异甚大，甚至针锋相对者亦有之，但这对蒙文通佛学研究益发登堂入室有极为重要的作用。
在长期的“闲话”与“争辩”中，蒙文通得以旁及各学派立论的根基及其论证的过程，从而使自己的体系益发精密、严整，以致在佛学研究上当时少有人能及。欧阳竟无由此而寄希望于蒙文通，希望他继承衣钵专研佛学。“改好刻竣(《中庸传》)，先寄此。此惟我弟能知，个中人谈其事，欲其速达也。……全恃观行，一丝九鼎;继续大难，德孤邻寡，亦可悲矣!”“孔学，聊发其端，大事无量，甚望我弟继志述事。”蒙文通离开“支那内学院”后，欧阳竟无己又常致函问讯，希望“共剪西窗烛、共作刻入谈”，“奈何经年不遗我一字!”
不负欧阳竟无重望，蒙文通在佛学研究上相继取得重大突破。欧阳竟无看完他所撰的《中国禅学考》、《唯识新觉罗》后，大喜过望，竟又重阅一遍，时而愤笔于原稿之间，时而挥墨于稿纸之上。之后，蒙文通所撰两篇皆被刊于院刊《内学》创刊号上，紧接于欧阳竟无的《佛法》、《心学》二文之后。
史文学
在经史文学上，蒙文通早在四川存古学堂便显示出深厚的根基。蒙文通于1914年所著的《孔氏古文说》，笔触深入旧史与六经的根基，由此辨其差别进而解开以后学者在二者上争论的症结。蒙文通独特的见地深得其师廖平的赞誉：“文通文如桶底脱。佩服!佩服!后来必成大家。”之后，蒙文通又相继撰述《近二十年汉学之平议》、《经学抉源》、《天问本身》、 《周秦民族史》 、《中国史学史》、《考古甄微》、《儒家政治思想之发展》、《墨学之流变及其原理》等专论。
蒙文通先生晚年致力于民族史和地方史的研究，提出昆仑宜为上古一文化中心说，认为巴蜀文化当系自西东渐，楚文化也颇受巴蜀文化影响，山海经就是巴蜀楚上古文化产品的著名学术观点。这里，值得大书一笔的是，作为史学家，蒙文通先生怀着维护中华民族崇高利益的责任感，用他生命的最后四年时间，写成了一部考论古代百越民族史的专著《越史丛考》。这是一部充溢着实实在在的爱国精神的书，它的成就标志着我国古民族史研究的新水平。此外，还有《古地甄微》、《儒学五论》、《道书辑校十种》、《巴蜀古史论述》、 《先秦少数民族研究》等专著和学术论文数十篇。他在古代历史、古代地理、古代民族、古代学术、古代宗教等很多领域都给后人留下了十分丰硕的成果。此外还有数十万字遗稿尚待整理刊布。
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